Các tù nhân thường bị giam ở tù một thời gian dài trước khi bản án của họ được thực hiện. Thông thường, việc kháng cáo cuối cùng của họ sẽ được thông qua tòa án xét xử, hai phiên tòa phúc thẩm và dưới sự xem xét khoan hồng của Tổng thống Indonesia.

Các tù nhân và gia đình của họ được thông báo trước 72 giờ về việc xử tử.[8] Họ sẽ thường được chuyển đến đảo Nusa Kambangan. Họ thức dậy vào giữa đêm rồi được đưa đến một địa điểm xa xôi (địa điểm không được tiết lộ) và bị xử bắn. Quy trình này vẫn duy trì từ năm 1964 đến nay.[9][10]

Tù nhân được phép đưa ra yêu cầu cuối cùng của họ, được công tố viên cho phép nếu yêu cầu khả thi và không cản trở quá trình xử tử.[11]

Người tù sẽ bị bịt mắt và bị dẫn đến một sân cỏ, nơi họ được chọn giữa ngồi hoặc đứng.[9] Những người lính có vũ trang sẽ bắn vào tù nhân trong phạm vi năm đến mười mét, nhắm vào tim. Chỉ có ba viên đạn lửa, còn lại là lửa. Nếu tù nhân vẫn sống sót sau khi bắn, người chỉ huy sẽ trực tiếp bắn vào đầu tù nhân.[12] Các bước lặp lại cho đến khi bác sĩ xác nhận không còn dấu hiệu sự sống của tù nhân.[11]